По словам начальника департамента природопользования и охраны окружающей среды Александра Панина, программа очистки водохранилища разработана и представлена в Росводресурсы. Белгородское море относится именно к этому ведомству.
Вода водохранилища ежегодно цветёт из-за размножения сине-зелёных водорослей. По словам Александра Панина, метод борьбы с ними предложили воронежские учёные: следует использовать другой вид простейших водорослей - хлореллу. «Мы рассмотрели этот проект. Но поскольку мы не знаем последствий применения этого препарата, мы подходим к нему осторожно и проводим эксперименты на малых водных объектах. Пока он даёт положительный эффект. Но ещё не ясно, какими будут результаты на таком огромном ареале, как Белгородское водохранилище. Тем более нужно учесть, что на территории Белгородской области мы не используем эту воду для питья, а соседи-украинцы используют. Это налагает определённые обязательства. У нас есть межгосударственные соглашения по сохранению чистоты водных ресурсов», - заявил Александр Панин.
Пока идёт эксперимент с хлореллами, в регионе разработали проект очистки реки Разумная, который постараются согласовать с Росводресурсами для его финансирования из федерального бюджета. Основной поставщик стоков - городской водоканал, который сбрасывает свои воды именно в эту реку. А сама Разумная за годы сбросов, по словам Панина, стала вторичным источником загрязнения водохранилища и потому нуждается в очистке.
Что касается горводоканала, то там начинает работать своя программа по новым методам очистки. Однако помимо его оплошностей часто виновниками загрязнений являются поставщики стоков, которые не доводят выбросы по своему составу до того состояния, которое определено законом. По словам Панина, всех поставщиков неправильных стоков выявили и каждому указали персонально. По новому законодательству, в случае нарушения ими законов в департаменте природопользования готовы через суды добиваться жёстких мер вплоть до закрытия предприятий.